בגמ' (בבא קמא דף קו ב ואילך) דעת ר' יוחנן ורמי בר חמא ששומר הטוען נגנבה, אינו נשבע עד שיכפור במקצת ויודה במקצת, שנאמר "כי הוא זה" (כפי שפירש רש"י כאן את משמעות הפסוק), ואילו ר' חייא בר יוסף חולק שעירוב פרשיות שנו כאן- "כי הוא זה" נאמר לגבי הלואה, ולכן המודה במקצת חייב שבועה, אבל שומר חייב גם בלי הודאה במקצת. עיי"ש בתוס' (דף קז א) שנחלקו הראשונים בביאור הגמ'- לרש"י למאן דאמר 'עירוב פרשיות' דין מודה במקצת נאמר רק בהלואה, ואילו בפקדון אפילו כופר הכל (ואומר לא הפקדת אצלי) חייב שבועה. רבינו תם חולק שלר' חייא בר יוסף עירוב פרשיות יש כאן כי הלואה ופקדון שווים- אין שבועה אלא כשמודה במקצת וכופר במקצת (כשהמפקיד תובע שתי פרות, והשומר מודה באחת ובשניה טוען טענה הפוטרת- נאנסתי), ואילו לר' יוחנן "כי הוא זה" נאמר רק על פקדון ולא על הלואה ולכן הם חלוקים זה מזה- בהלואה חייב כשהוא מודה במקצת, וכן בפקדון כשהודה באחת ובשניה כפר וטען להד"ם- לא מסרת בידי. אבל אם בא להפטר בטענת אונס [בשומר שכר, וכן בטענת נגנבה בשומר חנם] איננו חייב אלא בצירוף הודאה במקצת, באופן שהפקיד בידו שלוש פרות, באחת הוא מודה, בשניה הוא כופר ואומר להד"ם [-לא הפקדת בידי] ובשלישית הוא טוען טענה הפוטרת [כגון, שומר חנם הטוען נגנבה]. שיטת ריב"א שלמאן דאמר 'עירוב פרשיות' נאמר "כי הוא זה" לגבי מלוה לחייב את המודה במקצת, ורק בכעין זה יש לחייב בפקדון- בכופר במקצת, אבל הטוען נאנסו חייב אפילו כשהוא כופר הכל כי זו לא טענה השייכת בהלואה. כדעתו סבר גם הרמב"ן כאן.

והוסיף הגור אריה- העיקר כרמב"ן- למאן דאמר 'עירוב פרשיות' "כי הוא זה" הולך על מלוה, וכן על פקדון דומיא דמלוה- הכופר בפקדון וטוען להד"ם צריך הודאה במקצת, אבל הטוען נגנבה, חייב בשבועה גם בלי הודאה במקצת. וזהו עירוב פרשיות- שהרי "כי הוא זה" נדרש גם על מלוה. עיי"ש.

כלומר- לר"ת צריך שלוש פרות רק לסוברים שאין כאן ערוב פרשיות, ובפקדון הצרכנו הודאה במקצת חוץ מהכפירה, אבל למאן דאמר ערוב פרשיות, כשם שהודאה במקצת מחייבת שבועה בהלואה, כך גם בפקדון, ודי בשתי פרות- אחת של כפירה (בטענת להד"ם או גנבה) ואחת של הודאה.

אמנם רש"י בגמ' לא פירש כר"ת, אבל פעמים רבות הוא חוזר בו מפרושו ממקום למקום, וביחוד שכאן פירש כפשוטו של מקרא.